實際上，兩種切片組化效果是不一樣的，樣本不同，要求也不同。
要求做冰凍切片的不一定能做石蠟切片；但是要求做石蠟切片的，可作冰凍切片。因為作石蠟切片時要高溫烤片，可能會破壞組織的抗原性，如果組織的抗原性較穩(wěn)定，則可作石蠟切片。
冰凍切片
優(yōu)點：能夠較好的保存組織的抗原免疫活性，做免疫組化時不需抗原修復(fù)這一步。
缺點：細(xì)胞內(nèi)易形成冰晶而破壞細(xì)胞結(jié)構(gòu)，可能會使抗原彌散；切片厚度較石蠟的厚，做的片子沒石蠟的漂亮。
石蠟切片
優(yōu)點：可以保持組織細(xì)胞的形態(tài)結(jié)構(gòu)，且容易存放在室溫，而冰凍切片比較麻煩，一定要存在 -80oC 的低溫冰箱中，尤其是用來做原位雜交的切片，為了防止 RNA
降解，保存一貫很重要。由于石蠟切片可以切到 4 μm 左右，所以原位雜交探針容易滲透到組織中去，容易成功，而且得到的顏色/形態(tài)都較冰凍切片好。
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